Overkoepelende organisatie van de wetenschappelijke verenigingen van de medische specialismen waarbij de medisch specialisten volgens federatiestructuur lid zijn via de wetenschappelijke vereniging. De FMS houdt zich bezig met overkoepelende zaken, met als belangrijkste portefeuilles kwaliteit, opleiding, beroepsbelangen en wetenschap en innovatie. Er worden periodiek zogeheten ‘Raden’ georganiseerd per portefeuille waar actuele thema’s met vertegenwoordigende medisch specialisten vanuit elke wetenschappelijke vereniging aanwezig zijn. Het FMS bestuurbestaat ook uit medisch specialisten met daarnaast ondersteunende bureaumedewerkers. De DJS voorzitter zit als toehoorder met spreekrecht bij de bestuursvergaderingen van de FMS. Daarnaast zijn DJS bestuursleden vanuit hun portefeuille ook als toehoorder met spreekrecht bij de Raden aanwezig. Twee keer per jaar zijn bij de Raad opleiding niet alleen de opleiders vanuit de wetenschappelijke verenigingen, maar ook alle COC voorzitters uitgenodigd. DJS trekt regelmatig samen op met FMS om gezamenlijk iets te organiseren of gezamenlijk een standpunt in te nemen, mits er sprake is van een gedeelde doelstelling.